鳳溪小學成立於一九三二年，為上水廖族人士所創辦。一九八七年校董會決定將鳳溪小學分為上、下午校，每校均開辦一至六年級，本校前身為鳳溪小學下午校，至2005年8月31日轉為全日制小學，並於同日註冊為法團校董會，名為鳳溪第二小學。翌年向教育局申辦校舍，於2008年9月1日正式易名為鳳溪創新小學，並於同年11月28日遷入新校舍，為區內歷史最悠久學校之一。